Berdirinya Bank Muamalat pada bulan November tahun 1991, tentunya tantangan selanjutnya bagi industri perekonomian syariah di Indonesia adalah menyiapkan SDM yang berkompeten dalam dunia ekonomi syariah khususnya pada sektor perbankan. Hal tersebut yang mendorong para tokoh-tokoh ekonomi syariah pada kala itu menyampaikan gagasannya untuk mendirikan institusi yang berfokus pada ekonomi syariah. Berdirinya perguruan-perguruan tinggi sebagai wadah bagi para mahasiswa menempa diri seusai dengan disiplin ilmu yang dipilih, tentunya memiliki harapan agar dapat melahirkan lulusan-lulusan yang dapat memberikan kebermanfaatan dalam mejalani kehidupan bermasyarakat dimanapun mereka berada.

            Menyongsong semangat menyebarkan ekonomi syariah di Indonesia, maka STEI SEBI menjadi salah satu pelopor kampus ekonomi syariah yang terlahir dari sebuah idealism dan gagasan. Dengan bertujuan menjadi sebuah institusi yang memberikan kontribusi bagi kemaslahatan bangsa, Negara, umat dan agama, hal ini lah yang menjadikan landasan STEI SEBI hadir dan berkontribusi untuk menjadi institusi pendidikan ekonomi syariah. STEI SEBI didirikan dibawah Yayasan Bina Tsaqofah sesuai dengan Akta Notaris Ny. Yetty Taher, SH Nomor 30, tanggal 29 Oktober 1998, di Jakarta.

            Dalam menyelenggarakan perkuliahannya, STEI SEBI memiliki dosen-dosen yang juga mempunyai fokus pendidikan dalam bidang ekonomi syariah. Bahkan beberapa dosen yang mengajar juga merupakan praktisi di lembaga-lembaga keuangan yang ada di Indonesia. Selain itu salah seorang tokoh ekonomi syariah yang juga menjadi anggota Dewan Syariah Nasional MUI yaitu Dr. Oni sahroni merupakan Pembina Yayasan Bina Tsaqofah dan juga menjabat sebagai direktur SIBER-C STEI SEBI.